کاندیدیاز یا عفونت قارچی درزنان بسیاررایج است اما این عفونت درمردان درمقایسه با زنان کمتراتفاق می افتد.
کاندیدیازیک عفونت ناشی از قارچ کاندیدا است که برروی سرآلت تناسلی مرد و درصورت ختنه نشدن برروی پوست ختنه گاه تأثیرمی گذارد.
عفونت کاندیدیاز را می توان در قسمتهای دیگری از پوست یا غشای مخاطی یافت.  برای مثال دردهان نوزادان که بنام برفک دهان شناخته می شود.

آسیب ها و مشکلات درآلت تناسلی مردان به راحتی اتفاق می افتد زیرا کیسه بیضه و آلت تناسلی مردان توسط استخوان محافظت نمی شود.

کلامیدیا عفونت است که توسط باکتری کوچک کلامیدیا تراکوماتیس ازطریق جنسی انتقال پیدا می کند.  به این بیماری لقب عفونت خاموش داده اند زیرا علائم مشخصی ندارد و یا علائم آن بسیارخفیف هستند.  حدود 25 تا 50 درصد مردان به کلامیدیا مبتلا می شوند و به همین دلیل کلامیدیا در سراسرجهان و بخصوص انگلستان بسیارشایع می باشد.

وارد آمدن ضربه به بیضه،  پروستات،  و مجرای ادرارمی تواند به مشکل ناباروری منجرشود. 

هرپس سیمپلکس نوع 1، از طریق ترشحات دهان یا زخم بر روی پوست منتقل می شود و همچنین از طریق بوسیدن و یا به اشتراک گذاری اشیاء مانند مسواک منقل می شود. به طور کلی، فردی که مبتلا به  تبخال نوع 2 و دارای دستگاه تناسلی عفونی HSV-2 داشته باشد میتواند  در حین تماس جنسی با کسیکه این بیماری را نداشته باشد ، این بیماری را انتقال دهد.هر دو ویروس HSV-1 و HSV-2 می تواند منتقل شود، حتی اگر زخمی وجود نداشته باشد و این نکته ، بسیار حائز اهمیت است. 

برای مدت 10 سال پس ازابتلا به عفونت،  بیمارهیچونه نشانه ای ازبیماری ندارد و احساس سلامتی کامل می کند.  درطول این مدت ویروس HIV درحال فعالیت وضعیف کردن سیستم ایمنی بدن بیماراست.

آلت تناسلی درهنگام نعوذ پرازخون است و اگردراین زمان خمیده باشد و یا فشاری به آن وارد شود، ممکن است بشکند. 

سفیلیس ازطریق تماس مستقیم با زخم سیفلیس درون واژن،  مقعد و یا رابطه جنسی دهانی منتقل می شود.  زخمهای سیفلیسی برروی آلت تناسلی،  واژن،  مقعد،  مهبل،  لبها یا دردهان دیده می شوند.

 سفلیس ازطریق مادرآلوده به نوزاد منتقل می شود.

اگرگردن مثانه بسته نشود، دراین صورت مایع منی بجای حرکت بجلو وبطرف آلت تناسلی به عقب برگشته و وارد مثانه می شود.