گاهی اوقات، سیستم ایمنی بدن به سلول های سالم حمله می کند. این امر باعث بیماری های ایمنی مختلفی می شود. یکی از این بیماری ها " بیماری عروق کلاژن" است که بر بافت های همبند تاثیر می گذارد. 

برگشت طولانی مدت اسید معده به مری باعث می شود دیواره انتهای مری شبیه بافت معده شود که به آن مری بارت می گویند . مری بارت اغلب در افرادی که دچار ریفلاکس (GERD) (برگشت اسید از معده به مری) حاد هستند ، مشاهده میشود.

 آشالازی نوعی بیماری جدی حرکتی مری است که با انقباض(بسته بودن) ، اسفنکتر تحتانی مری (LES) رخ می دهد. آشالازی می تواند به دلایل مختلفی رخ دهد و ممکن است یافتن دلیل این عارضه برای پزشک نیز دشوار باشد .

ریفلاکس یا برگشت صفرا زمانی اتفاق می افتد که صفرا از کبد به طرف معده و مری (لوله بین دهان و معده) برگردد. 

همانطور که در مقاله قبلی بیان شد ؛ ریفلاکس یا برگشت صفرا زمانی اتفاق می افتد که صفرا از کبد به طرف معده و مری (لوله بین دهان و معده) برگردد. ریفلاکس صفرا ممکن است با برگشت اسید معده همراه باشد ، گرچه ریفلاکس اسید صفراوی و برگشت اسید معده دو بیماری مجزا ازهم هستند .

شرایطی مانند اضطراب، افسردگی و رویدادهای عاطفی علائم مربوط به بیماری های گوارشی را بدتر می سازند، اما اینکه آیا این اختلالات باعث بروز بیماری های گوارشی می شوند یا خیر هنوز مشخص نشده است. 

زخم معده جراحات دردناکی است که در جداره داخلی معده یا روده کوچک دیده می شود. زخم معده نشان دهنده بیماری زخم پپتیک است. این زخم ها زمانیکه لایه ضخیم مخاط معده از آنزیمهای گوارشی محافظت می کند ، کاهش می یابد در نتیجه اسیدهای گوارشی قادر به هضم غذا در بافت داخلی معده نخواهد بود .