گاهی پیش ازعمل جراحی، شیمی درمانی یا پرتو درمانی برای کوچک کردن تومورو ازمیان برداشتن آسان تر آن انجام می شود.

ختنه نکردن احتمال بروزبیماری را افزایش می دهد و همچنین درصورتیکه مایعات خارج شده ازآلت درزیرپوست بمانند و بخوبی تمیزنشوند،  احتمال ابتلا به سرطان بیشترمی شود.  این نوع سرطان در مردان بالای 60 سال و افراد سیگاری و مردانی که سیستم ایمنی  ضعیفی دارند،  شایعتراست.  

اختلالات آلت تناسلی برروی زندگی جنسی مردان تأثیرگذاراست.

اين وضعيت شامل درد مداوم يا عود كننده دستگاه تناسلي است كه درست قبل، حين و پس از مقاربت رخ ميدهد.

سفیلیس ازطریق تماس مستقیم با زخم سیفلیس درون واژن،  مقعد و یا رابطه جنسی دهانی منتقل می شود.  زخمهای سیفلیسی برروی آلت تناسلی،  واژن،  مقعد،  مهبل،  لبها یا دردهان دیده می شوند.

 سفلیس ازطریق مادرآلوده به نوزاد منتقل می شود.

عفونت مخمردرمردان بسیارشایع است.  زیرا قارچی که موجب عفونت مخمری می شود و کاندید نام دارد،  درحالت عادی درپوست ،  بخصوص نواحی مرطوب موجود است.  هنگامی که برخی عوامل مؤثرمانند داشتن شریک جنسی که دارای عفونت قارچی تناسلی است،  موجود باشند،  منجربه رشد بیش ازحد کاندید و درنهایت عفونت می شود.
 عفونت مخمردروضعیت حاد می تواند به یک بیماری شناخته شده بنام بالینیت منجرشود.

کاندیدیاز یا عفونت قارچی درزنان بسیاررایج است اما این عفونت درمردان درمقایسه با زنان کمتراتفاق می افتد.
کاندیدیازیک عفونت ناشی از قارچ کاندیدا است که برروی سرآلت تناسلی مرد و درصورت ختنه نشدن برروی پوست ختنه گاه تأثیرمی گذارد.
عفونت کاندیدیاز را می توان در قسمتهای دیگری از پوست یا غشای مخاطی یافت.  برای مثال دردهان نوزادان که بنام برفک دهان شناخته می شود.

هیپوسپادیاس یک اختلال مادرزادی است که درآن مجرای خروج ادرار در قسمت زیرین آلت تناسلی است.  درحالی که در حالت طبیعی مجرای خروج ادرار در سرآلت قراردارد.  

بهتراست کودک  پس ازانجام ختنه به مدت 2 تا 4 ساعت دربیمارستان یا درمانگاه تحت نظرباشد تا ازنظرخونریزی بررسی شود.  پس ازعمل،  محل ختنه ملتهب و متورم است و با گاز وازلین پانسمان می شود.