علت دقیقی برای زخم های دهانی وجود ندارد. استرس یا آسیب به بافتهای دهانی علت زخم های دهانی است. غذاهای خاص، از جمله مرکبات یا میوه های اسیدی و سبزیجات (مانند لیمو، پرتقال، آناناس، سیب، انجیر، گوجه فرنگی و توت فرنگی)، می تواند آغاز کننده زخم های دهانی باشد و یا حتی این مشکل را بدتر کند. گاهی اوقات سطح تیز دندان یا لوازم دندانپزشکی و یا اتصالات دندان مصنوعی میتواند باعث زخم های دهان شود.