عفونت های باکتریایی و ویروسی دستگاه تناسلی ممکن است ازعوامل مهم ناباروری مردان باشد. فرآیندهای عفونی می تواند به ازبین رفتن اسپرم ، اختلال درعملکرد اسپرم و یا حتی انسداد مجرای منی منجرشود.
تشخیص وجود باکتری درمایع منی لزوماً به این معنی نیست که این عفونت باکتریواسپرمی موجب بروزآلودگی، کلونیزاسیون یا عفونت بشود. گزارش شیوع اوره پلاسما اوره لتیسیم درمایع منی انسان از10تا 40 درصد متفاوت است. انتروباکتردر99درصد ازنمونه های منی با توجه به حساسیت روش های تشخیصی استفاده شده، یافت می شود.
کلامیدیا تراکوماتیس جنسی شایع ترین ارگانیسم انتقال باکتریایی در کشورهای صنعتی می باشد. تأثیراصلی این بیماری ازطریق انتقال جنسی است که بجای تأثیر مستقیم برعملکرد تناسلی مرد، موجب بیماری لوله های رحمی و ناباروری بعدی درشریک زن می شود.
همچنین اثرلوکوسیتواسپرمی درناباروری مردان مورد بحث است. اما به دلیل روشهای متفاوت تشخیص که درجوامع مختلف مورد بررسی قرارگرفته، باید به این واقعیت توجه داشت که انواع لوکوسیت درمایع منی ممکن است تأثیرات متفاوتی داشته باشند. با وجود اثرات منفی لوکوسیت اما، نباید اثرات محافظتی آن را درحفاظت ازاسپرم نادیده گرفت.
اخیراً روشهایی برای شناسایی ویروس درمایع منی انجام می شود که ازحساسیت و ویژگیهای بالایی برخوردار است. با این وجود هنوز مشخص نشده که آیا واقعاً این عفونت ها درمیزان باروری مردان مؤثرهستند یا خیر.